הטיפול באלי"ן ניתן על ידי צוות רופאים הכולל מומחים מהתחומים השונים הקשורים בלקויות הילדים: מומחים ברפואת ילדים, אורטופדיית ילדים, נוירופדיאטריה, אורולוגיית ילדים, וכן ייעוץ של מומחי שיקום, מחלות זיהומיות, מחלות ריאה, נוירוכירורגיה, פסיכיאטריה ועוד לפי הצורך.
בית החולים נמצא בקשר עבודה שוטף עם הרופאים המפנים בקהילה ובבתי החולים ומקבל ונותן ייעוצים בתחומי בכל רחבי הארץ. הרופא משמש כ"מנצח" על התזמורת של מטפלים רב- מקצועיים, ומנהיג את כוון השיקום והמעקב אחריו.